O exame de colonoscopia, ou endoscopia digestiva baixa, é bastante semelhante ao exame de endoscopia digestiva alta, porém neste exame o aparelho é introduzido pelo ânus.

O exame de colonoscopia também é realizado sob sedação endovenosa que garante conforto ao paciente durante todo o procedimento e possibilita a avaliação do íleo terminal (uma pequena porção do intestino delgado), cólon (intestino grosso) e reto.